Le Zack qui survit n'est pas dans l'histoire du jeu, il est en gros dans une réalité alternative, dans une autre timeline, elle aussi gouvernée et sauvegardée par les fantômes qui veulent se faire répéter le destin.

Une fois que l'équipe détruit les fantômes dans la timeline du jeu, alors ça a effet de les détruire dans toutes les autres timelines, dont celle de Zack qui pour le coup survit à la fin de Crisis Core. Mais il est totalement séparé de la réalité du jeu FF7 Remake.

(En gros il sera dans son DLC ou son jeu à lui dans une Midgar alternative.)