Les données de sauvegarde sont pas dans la base mais sur le serveur lunaire. Du coup même si la base est détruite c'est pas un problème. (D'ailleurs le protocole c'est de détruire la base à chaque fois et tout recommencer jusqu'à ce qu'il y ait suffisamment de données de combat stockées).

A2 et ses coéquipiers sont la gen 1 des androïdes Yorha donc ils ont été sujets à des expérimentations de combat et seule A2 a survécu et s'est barré. Ils avaient pas pour vocation à être pérennisés donc pas de sauvegarde. Les autres androïdes je sais pas, rien n'indique qu'ils ont pas été restaurés dans de nouveaux corps plus tard il me semble.

2B et surtout 9S sont restaurés après chaque "purge" provoquée par les machines (ce qu'on voit au début de la run C en gros le combo virus et raid pour un coté guerre totale). Apparemment c'est 2B qui bute 9S la plupart du temps car 9S récolte trop d'infos (ce qu'attendent de lui les machines) et finit toujours par découvrir le pot-aux-roses en premier, d'où l'intérêt de foutre un androïde exécuteur à ses côtés. Ensuite la mémoire de 9S est effacée (mais pas 2B si j'ai bien compris et ça je sais pas trop pourquoi). Et rebelote.

Techniquement dans la fin C, A2 efface toutes les données du serveur lunaire (ou de la bibliothèque de la tour ce qui revient au même (?!?) ) à partir de la tour. Du coup elle peut mourir définitivement elle aussi et "rejoindre" ses amis.
La fin D par contre c'est le projet des machines de la tour d'envoyer les données dans l'espace dans l'espoir de tout reprendre à 0 pour avoir un vrai libre arbitre un truc comme ça.

La E comme elle démarre juste après la D je sais plus, c'est juste le délire des pods qui développent une conscience et refusent de tout effacer pour conserver les souvenirs des 3 androïdes non?