En raison d'un pacte conclu en 1946 entre le général Douglas Mac Arthur et Hirohito, les officiers de l'unité n'ont pas comparu devant le Tribunal de Tokyo. « En échange » les États-Unis ont reçu de Shirō Ishii l'ensemble des résultats des tests menés à l'unité 731, résultats qu'il avait conservés dans sa fuite ; il a ainsi bénéficié d'une totale impunité. Des membres de l'unité ont toutefois été condamnés par les Soviétiques lors d'un procès tenu à Khabarovsk en 19493.