1)Quand Shaw comprends toutes les manigances du cyborg nazi,elle n'a presque plus de force,elle revient quand meme d'une "césarienne" faite en catastrophe...
D'ailleurs,on le voit,quand elle fuie le vaisseau alien,elle a du mal a fuir car elle souffre...elle n'a eu qu'une anesthésie partielle,et paf tout de suite après,expédition,elle doit marcher,courir...

Normallement,une césarienne,la nana est immobilisée a l'hopital pendant longtemps,avec ordre de pas faire du sport ou autre activité  physique pendant quelques jours...

Et de plus,il n'y a qu'elle qui comprends la manigances qui se trame,ce qui explique le manque de réaction du reste de l'équipage!

2)Le cyborg nazi comprends parce que c'est surement un cyborg avec de grosses bases scientifiques...
A mon avis,soit il a compris très vite ce que le liquide noir etait et pouvait faire...soit quand Shaw est devenu enceinte alors qu'il savait qu'elle etait stérile(obligé,le cyborg qui a piloté le vaisseau dans l'espace pendant 2 ans sait forcément tout de l'équipage),il a tout de suite compris que c'etait grace au liquide noir...

3)Pour moi,le fait qu'il ait voulu créer des xénomorphes  résulte du fait de ce qu'il a appris (les cyborg sont évolutifs,ils cherchent a copier l'etre humain,il le dit dans le film )...or au tout début,avec les reves,il apprend
-que les humains morts vont au paradis : conclusion,pour un cyborg mal programmé,tuer un humain est qqchose de positif puisque ça l'envoi au paradis...il se crée un bug dans son raisonnement entre tuer un humain qui est négatif et l'envoyer au paradis qui est positif!
C'est pour cela qu'ils leur demande s'ils sont prèt a tout pour avoir leur réponses!
-puis il apprend plus tard que l'Homme a créé les cyborg sans justification veritable...donc lui,pour ressembler aux humains,crée les xénomorphes sans raison veritable!

C'est la partie la plus complexe,mais en gros,Ridley Scott veut montrer que les actions du cyborg nazi sont dues aux "conflits de logique" qui se forment dans son cerveau artificiel...