Le royaume de Highland et la Ville-État de Jowston viennent de signer un traité de paix. Le héros et son ami Jowy, appartenant tout deux à la brigade Licorne de l'armée de Highland, s'apprêtent à rentrer le lendemain à Kyaro, leur village natal. Cependant, pendant la nuit, leur campement est attaqué par des troupes de Jowston, malgré le traité de paix. Rowd, le commandant de la brigade, donne alors l'ordre de battre en retraite vers la forêt. Le héros et son ami prennent alors la direction de la forêt, mais en cours de route Jowy soupçonne la présence d'une embuscade à la sortie de la forêt et décide d'aller en avertir leur commandant resté en arrière. Ils le retrouvent au campement en présence de Luca Blight, le prince du royaume de Highland. Ils comprennent alors que ce sont des soldats du royaume de Highland qui sont responsables de l'attaque. La destruction de la brigade Licorne permettra de faire croire que Jowston a rompu le traité et justifiera une nouvelle guerre. Remarquant que leur plan est démasqué, les troupes du prince tentent d'assassiner nos deux héros, qui parviennent in extremis à s'enfuir en sautant d'une cascade.

Le héros et Jowy rejoindront par la suite des mercenaires au service de la Ville-État de Muse, et recevront deux runes opposés : le rune du Bouclier Lumineux pour le héros et celui de l'Epée Noire pour Jowy, qui sont les deux composantes du rune Début.

Au cours de la guerre, Jowy rejoindra les forces de Highland à la suite d'une odieuse trahison, deviendra un des généraux du royaume, et épousera la princesse Jillia du royaume de Highland. Tandis que le héros prendra la tête des forces de Jowston après une longue reconquête de leur territoire, perdu à la suite de la débâcle face à l'armée du royaume de Highland