Alors que votre héros ou héroine sort du métro pour rejoindre le dortoir dans lequel il doit séjourner durant l'année scolaire, la ville commence à se transformer en gigantesque cimetiére où chaque personne se voit enfermer dans un cerceuil teinté de sang. C'est en réussissant à rentrer à son nouveau dortoir que le héros apprendra que ce phénomène à un nom, "Dark Hour", période qui voit la ville se transformer dès minuit.

Pourquoi le héros ne semble pas atteint par ce phénomène ? Quels sont les meurtres semblant être perpétués durant cette période ? Tant de questions qui trouveront leurs réponses durant l'aventure de Persona 3 portable.